把忒耳迷城变成废墟后，成吉思汗又攻掠附近城寨，杀戮和焦土如影随形，侵袭着每个城镇。

成吉思汗重回撒马尔罕郊区时，突然有不好的消息传来：呼罗珊地区被哲别和速不台拿下的城市发生反叛，花剌子模人杀掉蒙古人派驻的长官，一时之间，呼罗珊地区重新沸腾。

成吉思汗不能容忍这种情况，命令拖雷带领主力去做斩草除根式的平叛，于是，呼罗珊大屠杀开始了。

拖雷渡过阿姆河后，派他的舅哥、成吉思汗的女婿脱忽察儿为前锋，绕过马鲁（今土库曼斯坦马里）直趋纳撒城（今土库曼斯坦尼萨）。这名先锋官又派出一名先锋去围困纳撒城，该先锋连劝降都懒得做，一抵达城下，就开始攻城。纳撒城守军顽强抵抗，射出的箭矢如雨点，该先锋命运不济，在指挥中被流矢射中咽喉，一命呜呼。脱忽察儿暴跳如雷，来到城下，倾尽所有猛攻，强攻十五日后，纳撒城被拿下。欧洲史料说，脱忽察儿进城后屠杀居民达七万人。

杀掉七万人后，脱忽察儿继续向前挺进，来到一个叫哈连答儿堡的地方，该堡垒坚固异常，所以守军信心百倍，拒不投降。脱忽察儿猛攻三日，毫无效果。脱忽察儿只好悻悻而走，来到你沙不儿城，你沙不儿城守军听说了脱忽察儿在哈连答儿堡城下的无能，所以抵抗的热情异常高涨，脱忽察儿猛攻三日，你沙不儿城毫发无损，第四日，脱忽察儿急火攻心，跑到城下指挥战斗，一支流矢从他的前额进入，贯脑而出，当场死亡。脱忽察儿兵团急忙后撤，和拖雷汇合。

拖雷一见到脱忽察儿的尸体，怒火中烧，把怒气全部倾泻到马鲁城。马鲁城是呼罗珊地区幅员最广阔、文明最先进、居民生活质量最高的城市，也是花剌子模历代国王的驻跸地、大小人物的中心。境内飞翔着和平、吉祥的鸟儿。它出产的首领人物之多，不下于四月的雨滴，土壤可与天堂媲美。

在城外郊区，驻扎着一支数目可观、战斗力强悍的一万人康里兵团。拖雷必须要先解决这支兵团，才能对马鲁城动手。

拖雷用蒙古兵团的杀手锏：先战，伪逃，设置埋伏圈，包围敌人，全歼。这支康里兵团如同一头笨牛，被拖雷牵着鼻子拉进了包围圈，双方展开惨烈厮杀，最终，蒙古人倚仗兵力的优势将其全歼。现在，马鲁城只能靠自己了。

马鲁城城主是个识时务的人，他发现自己绝不是拖雷的对手，于是到拖雷营中请降。拖雷问他：“为何杀我蒙古人的官员？”马鲁城城主回答：“激起了民愤，是百姓杀了他的。”拖雷说：“那你回去告诉那些凶手，凡和蒙古人作对的人，路只有一条，就是死，我不接受你的投降，回去准备守城和后事吧！”

马鲁城城主把这个悲痛的消息带给居民和守军，按常理，这是背水一战，应该可以激起内心的勇气。但马鲁城守军和居民听到这个消息时，居然情绪低落，坐以待毙。拖雷只用了一天时间，就攻陷马鲁城。他把居民不分贵贱统统赶到郊外。一连四天四夜，百姓不断离城。拖雷又命令把妇女和男子分开来。除了从百姓中挑选的四百名工匠及掠走为奴的部分童男童女外，其余所有居民，包括妇女、儿童，统统杀掉，一个不留。

从马鲁城屠杀现场离开后，拖雷昼夜不停，直趋你沙不儿，他要为脱忽察儿复仇。你沙不儿守军自从射杀脱忽察儿后，早已料到蒙古兵团必会前来复仇。而且他们也知道，蒙古人不会接受他们的投降。和马鲁城不一样，你沙不儿城所有人都抱着破釜沉舟之心，要和蒙古人一决生死。

人在同一刺激下，产生的反应迥然不同，说明人和人的确不一样。

你沙不儿城为迎接拖雷，准备了发弩机三千架、抛石机五百台、油锅一千口、沸腾的油五千斤。拖雷先扫荡了你沙不儿城外围防御，然后围住此城，他也为这座即将变成地狱的城池准备了一份厚礼：发弩机三千架，抛石机三百台，火焰放射器七百支，云梯四千架，又从附近山上集中了巨石两千五百石。这些比车轮还要大的石头被抛石机抛出去后，无坚不摧。

你沙不儿守将在城上看拖雷办武器展览，急忙调派算数能力强的人到城上来数数，最后得出结论，大家旗鼓相当，只不过咱们没有那么巨大的石头。面对那些巨大的石头，你沙不儿守军心惊胆战，守将抱着试试的态度，派了几个穆斯林长老到拖雷营中请降。

拖雷断然拒绝，穆斯林长老们说，可以把杀害蒙古官员的凶手交给拖雷，拖雷回答：“人人都有罪，人人都是同谋，人人都是凶手。”

这番很有哲学味道的话让穆斯林长老们一头雾水，回到城中把这句话说给守军听，你沙不儿守军也摸不着头脑，不过他们确定了一件事：战争马上就要开始，等待他们的将是不祥。

1221年四月七日，拖雷兵团对你沙不儿城发动总攻，双方的发弩机和抛石机互射，沸腾的油从城墙上倾泻下来，巨大的石块如山一样砸向你沙不儿的城墙。经过一昼夜的猛攻，第二天凌晨，你沙不儿城城墙裂了七十多个口子，蒙古军一拥而上，冲入城中。你沙不儿守军和蒙古军展开惨烈的巷战，又经过一昼夜，蒙古人才彻底消灭抵抗力量，拖雷进城，屠杀开始。

据说，整个屠杀行动是由成吉思汗的女儿，也就是脱忽察儿的老婆指挥的。这位刚经历丧夫之痛的女人下令屠城后，又把已死百姓的头颅区分为男人、女人和孩童，堆进三个不同的金字塔内。随后，她又下令处死城内的猫、狗以及其他一切有生命的动物，据说，这样一来，就再也没有有生命的动物可存活下来伤害她的丈夫了。

把你沙不儿城变成废墟后，拖雷分兵一支去攻击呼罗珊地区的次要城市，而他本人则统帅主力军，向东进发，围攻今阿富汗西北部的名城也里（今阿富汗赫拉特）。也里城是中亚、南亚同西亚各地区交通、贸易的枢纽，战略位置相当重要。拖雷派人到城中劝降，也里城守将给的答案是杀掉拖雷的使者，把人头扔出城外，同时勉励守军死守，不是为摩诃末，而是为了也里城的尊严。

拖雷只好付诸强攻，攻击八日，也里城屹立不倒。但在蒙古人的强大攻势面前，也里城一部分守军已意志涣散，拖雷得到此消息后，第二次派人进城劝降，并向也里守将承诺，只要投降，即可免全城生灵涂炭。也里守将相信了拖雷，开城门投降。拖雷没有信守承诺，将守军一万余人全部屠杀，不过他也信守了承诺，没有屠杀也里城的百姓。